Hij was de hervorming toegedaan en lid van het Verbond der Edelen, waarom hij door Alva werd gebannen. Zijn gade, Agnes van Bailleul, deelde in dit lot. Zij toch had sedert vier jaren de R.K. Kerk vaarwel gezegd en was eerst tot de Doopsgezinde en later tot de Hervormde kerk toegetreden; er werd zelfs beweerd, dat zij haar man had verleid haar te vergezellen. Van den Boetzelaer's vrouw en twee zoontjes verlieten toen het land en hielden zich eenigen tijd te Keulen op, waar hun zoon Gideon werd geboren. Zoo spoedig mogelijk keerde Rutger echter terug om zijn dienst aan prins Willem v. Oranje aan te bieden, met wien hij voortdurend in briefwisseling had gestaan. Deze maakte daarvan gaarne gebruik en droeg hem een zending naar Engeland op, doch het verblijf aldaar werd hem ontzegd. Hij komt daarna 19 Maart 1574 voor als gouverneur van Gorinchem, dat 26 Juni 1573 door Marinus Brandt voor den Prins was bezet. Doch 26 Nov. 1574 was aldaar gouverneur Jhr. Adriaan Vijgh en v.d. Boetzelaer was sedert meer tot staats- dan tot krijgszaken gebruikt. In 1574 komt hij voor bij de vredesonderhandelingen; 25 April 1576 bij de unie tusschen Holland en Zeeland gesloten; hij had een groot deel aan de totstandkoming der Unie van Utrecht. In 1581 onderteekende hij namens de ridderschap van Holland de opdracht der Ùthoogste overigheydtÙu aan den prins v. Oranje; de Prins raadpleegde hem meermalen over belangrijke zaken en verzweeg hem geen geheimen, zooals o.a. bleek bij 's Prinsen plannen met Anjou. Bij de onderhandelingen over de opdracht der grafelijke waardigheid aan den Prins in 1584, maakte hij met Paulus Buys en François Maelson deel uit van de bezending naar de hollandsche steden om de opdracht te doen teekenen en trachtte met Sebastiaan van Loosen het nog steeds weigerachtige Gouda tot dit voornemen over te halen. Hendrik van Zuylen had Langerak gekocht bij decreet van den Hove van Utrecht op 9 Jan. 1581 en was er 8 Sept. 1587 bij appoinctement der Staten van Holland mee beleend; hij droeg het over op R. v.d. B., heer van Asperen, die er 30 Sept. 1587 mede beleend werd. Sommigen vermelden Rutger ook als heer van de Merwede, bij overgave door zijn broeder Daniël en 2 Juni 1589 er mede verlijd. Toch zal deze mededeeling foutief zijn: de Merwede werd door Daniël aan zijn neef Rutger Wessel (Rutger's zoon) vermaakt.
Rutger v.d. B. huwde in of omstr. 1563 met Agnes van Bailleul, uit Vlaanderen, zij overleed in 1612 op haar huis te Asperen en ligt in de kerk aldaar begraven, dochter van Cornelis heer van Turnhout, en van Françoise de Grijsperre (volgens Herckenrode was zij de dochter van Pierre heer van Ecke Schoonewalle, en van Philippina de la Bricque, vrouwe van Steenvoorde). Het echtpaar won drie zoons en evenveel dochters. Daarvan staat Rutger Wessel in dl. VII, 157 vermeld en gaat Gideon hiervóór. Met hun broeder Werner Adolph v.d. B. werden zij 14 Oct. 1612 baronnen des H.R. Rijks. Hester v.d. B. huwde 1e met Jacob van Haveskercke, uit Vlaanderen, die slotvoogd van Loevestein is geweest, en 2e met Jan de la Kethulle; Margaretha Elburg v.d. B. huwde 1e met Charles des Cheridons, uit Périgord, kapitein, en 2e met Derk Turquet, heer van Majerne, lijfarts van den franschen koning; Cornelia v.d. B. vóór 1621 overleden, had eerst Ghislain de Noyelles, heer van Majonques, kapitein, en daarna Jan van Riviere van Arschot, heer van Gellicum en Kerkwijk, tot echtgenoot.
Zie: Geneal. Her. Bladen IX, 214; Nederl. Adelsboek (1912), 265; ten Raa en de Bas, Het Staatsche Leger I, 247; Beaufort, Leven van Willem I III, 643; Marcus, Sentent. v. Alva, 130, 134-137; Scheltema, Staatk. Nederl.; Beekman, Beschr. v. Asperen, 254, 255; Wagenaar VI, 126, 174, VII, 428, 512; Bijv. op Wagenaar VII, 69, 70; te Water, Hist. Verb. Edelen II, 243-246, III, 480.
Regt