Charlotte ging in 1559 onder druk van haar ouders in het klooster Abbaye Notre-Dame-de-Jouarre, onder de hoede van haar tante Louise, die daar abdis was. Volgens haar vader had dat het voordeel dat Charlotte dan niet kon delen in de erfenis, die hij aan zijn enige zoon François in beter handen vond. Haar tante stierf echter al spoedig na Charlotte's intrede. Zij liet merken dat zij geen non wilde worden, en dus ook geen abdis, en ook niet van haar erfenis wilde afzien. Niettemin werd zij in 1565 geïnstalleerd als abdis. In tegenstelling tot haar vader, die tijdens de godsdienstoorlogen vanaf 1561 aan de zijde van de katholieken vocht, vatte Charlotte sympathie op voor de Hugenoten.
In 1572 vluchtte Charlotte uit het klooster en zocht op advies van Jeanne d'Albret, koningin van Navarra, bescherming in Heidelberg bij de calvinistische Frederik III van de Palts (Louise Juliana, de oudste dochter van Charlotte, zou later trouwen met diens kleinzoon) en ging over tot het calvinisme. Daar ontmoette zij enkele weken later Willem van Oranje. Twee jaar later vroeg die haar via zijn vertrouweling Marnix van Sint-Aldegonde ten huwelijk.
Het huwelijk van Willem van Oranje met Charlotte de Bourbon op 12 juni 1575 stuitte bij velen om een aantal redenen op onbegrip. Niet alleen zat Willem diep in de schulden, maar ook was Charlotte als afvallige non onterfd door haar vader en kreeg natuurlijk geen bruidsschat mee. De familie van Anna van Saksen wees erop, dat er in 1571 weliswaar een scheiding van tafel en bed tot stand was gekomen, maar dat er van formele echtscheiding geen sprake was. Dit derde huwelijk van Willem was dan ook geen huwelijk uit berekening, zoals gewoonlijk in die dagen, maar uit wederzijdse liefde en genegenheid. Hun briefwisseling laat dit zien. Charlotte steunde Willem krachtig in zijn Nederlandse onafhankelijkheidsstrijd. Zij liet zich, als Willem op pad was, door brieven op de hoogte houden en fungeerde als verbindingspersoon tussen Willem en het leger. In de zeven jaren van hun huwelijk baarde zij hem niet minder dan zes kinderen, die allen volwassen geworden zijn.
Na de eerste mislukte aanslag op Willem op 18 maart 1582 verzorgde Charlotte haar man erg intensief. Zij raakte daardoor erg verzwakt. Ze overleed op 5 mei van datzelfde jaar aan een longontsteking. Charlotte de Bourbon is begraven in de Grote of Onze-Lieve-Vrouwe Kathedraal in Antwerpen, in een graf dat tegenwoordig niet terug te vinden is.
Instituur voor Nederlandse geschiedenis (Geevers Liesbeth, Charlotte van Bourbon, in: Digitaal Vrouwenlexicon van Nederland):
Charlotte van Bourbon werd in 1546 of 1547 geboren als vijfde kind en vierde dochter van hertog Lodewijk III de Bourbon-Montpensier, afstammeling van koning Lodewijk IX de Heilige, en Jacqueline de Longwy. Evenals enkele van haar zusters was Charlotte door haar vader bestemd voor de Kerk, naar het schijnt omdat hij het familiepatrimonium niet wilde belasten met bruidsschatten voor al zijn vijf dochters. Vlak na haar geboorte werd Charlotte overgedragen aan de zorgen van haar tante, een zuster van haar moeder, die abdis was van het klooster van Jouarre. In 1559 legde Charlotte er als twaalf- of dertienjarige haar gelofte af. In 1565, nog maar achttien jaar oud, werd ze zelf tot abdis verkozen. Binnen zes jaar, in 1571, verliet ze echter het klooster, omhelsde het protestantisme en vestigde zich in Heidelberg, waar ze welkom was aan het hof van Frederik III, de calvinistische keurvorst van de Palts.
Huwelijkspolitiek
Aan het Heidelbergse hof kwam Charlotte van Bourbon in contact met haar latere echtgenoot, Willem van Oranje. In 1572 was Oranje daar om met de Paltsgraaf te spreken over diens mogelijke steun aan een nieuwe veldtocht naar de Nederlanden, nadat die van 1568 en 1569 op een fiasco waren uitgelopen. Sommige historici menen dat Willem direct van haar gecharmeerd was toen hij Charlotte zag. Waarschijnlijk is dit een te romantische voorstelling van zaken. In ieder geval was pas in eind 1574 of begin 1575 (Charlotte stuurde op 28 januari 1575 een antwoord op een brief die een kamerheer van Willem haar gebracht had) voor het eerst sprake van briefcontact tussen hen beiden. Oranje had waarschijnlijk mondeling al aangekondigd om haar hand te zullen vragen en vroeg nu haar instemming. Charlotte durfde niet in te stemmen zonder de toestemming van de Paltsgraaf en -gravin, die zij als haar ouders was gaan beschouwen (Correspondentie van Oranje, 10373). Daarop stuurde Willem zijn vertrouweling Filips van Marnix van Aldegonde naar de Palts om de keurvorst officieel om de hand van diens pleegdochter te vragen.
Het huwelijk met Charlotte van Bourbon wordt wel gezien als een van de weinige acties die Willem van Oranje níet uit politieke berekening ondernam, juist omdat er meer nadelen dan voordelen aan leken te kleven. Het enige voordeel was dat het zijn banden zou verstevigen met de calvinistische keurvorst van het Heilige Roomse Rijk, maar dat woog nauwelijks op tegen de nadelen. Charlotte had gebroken met haar familie en zodoende kon Willem van haar geen bruidsschat verwachten. Bovendien was het huwelijk niet gunstig voor zijn relaties met de Franse adel. Oranje spande zich daarom wel in om de band met zijn Franse schoonvader te verbeteren. Hij vroeg Charlottes broer François, met wie hij goede betrekkingen onderhield, een goed woordje voor hem te doen bij de oude hertog. Zo probeerde Willem toch via dit huwelijk ook zijn Franse connecties te versterken. Maar het huwelijk wekte vooral ook schandaal. Willem was immers nog altijd getrouwd met Anna van Saksen, die al jarenlang op beschuldiging van overspel in huisarrest werd gehouden door Willems broer Jan van Nassau. Door een nieuw huwelijk zouden de huwelijksproblemen van Willem en Anna publiek worden en de reputatie van de betrokken families ernstig gevaar lopen. Jan van Nassau was dan ook fel tegen. Om het voorgenomen huwelijk rechtsgeldig te maken en beschuldigingen van bigamie te voorkomen, verklaarde een tribunaal van predikanten het huwelijk met Anna ongeldig op grond van haar overspel. De rechtsgrond van deze uitspraak was zo dubieus dat zelfs Charlotte twijfelde aan de geldigheid van haar huwelijk. In de tekst waarmee Filips II in 1580 Willem in de ban deed, werd daarom ook fel uitgehaald naar beide echtelieden: Willem trouwde terwijl hij nog getrouwd was met een uitgetreden non en daar is hij nog steeds mee, ÙtÙut welk de alderschandelijkste, oneerlijkste en infaamste zake is die men zou mogen doenÙu.
Huwelijksleven
Het huwelijk tussen de ongeveer 28-jarige Charlotte van Bourbon en de 43-jarige Willem van Oranje werd op 12 juni 1575 gesloten in de Grote Kerk (Catharinakerk) in Brielle, waarna de festiviteiten werden voortgezet in Dordrecht. De Staten van Holland en Zeeland zegden een jaargeld van zesduizend pond toe als geschenk aan de bruid. Als weduwgoed ontving Charlotte van Bourbon van haar bruidegom het vruchtgebruik van een verlaten nonnenklooster in Orange. Na de bruiloft vestigde Charlotte zich in Breda, maar vanaf 1577 verbleef het echtpaar vooral in Antwerpen. Vier van Willems kinderen ÙX Maria uit zijn eerste huwelijk, en Anna, Emilia en Maurits uit het tweede ÙX voegden zich daar bij haar.
Tijdens de zeven jaar van hun huwelijk kregen Charlotte en Willem zes dochters. De oudste heette Louise Juliana (1576), genoemd naar haar grootvader en grootmoeder; de tweede heette Elisabeth (1577), naar de Engelse vorstin. Daarna werden Catharina Belgica (1578), Charlotte Flandrina (1579), Charlotte Brabantina (1580) en Emilia II Antwerpiana geboren. Gedeputeerden van de plaatsen en gewesten waarnaar de meisjes genoemd waren, waren als getuige aanwezig bij de doopplechtigheden. Bovendien kregen de dochters een lijfrente toegewezen van de verschillende Staten, variërend van twee- tot drieduizend pond. Het echtpaar gebruikte de naamgeving van hun dochters om de relatie met de zuidelijke gewesten te verstevigen. De doop van Charlotte Brabantina vond bijvoorbeeld plaats nadat de Staten van Brabant zich al enige tijd niet meer hadden laten vertegenwoordigen in de Staten-Generaal. Het feest was een goede gelegenheid om de banden weer aan te halen.
Pas na zes jaar verzoende Charlotte van Bourbon zich met haar vader, die nu bereid was het huwelijk met Willem als eervol voor de familie aan te merken. Ook al was Willem een protestant en een rebel, het geslacht Oranje-Nassau stond in hoog aanzien en een soevereine prins van Oranje werd door veel katholieken nog steeds gezien als een goede partij.
Dood en reputatie
Op 18 maart 1582 vond een aanslag plaats op het leven van Willem van Oranje waarbij de prins ernstig gewond raakte aan zijn hals. Het bloeden, zo gaat het verhaal, kon alleen gestelpt worden door een verband zachtjes tegen de wond te drukken. Die taak viel toe aan Charlotte en enkele bedienden. Willems wonden genazen, maar de behandeling had zoveel energie van Charlotte gevergd, dat ze kort daarna, op 5 mei, zelf overleed. Ze werd onder grote belangstelling begraven in de Onze Lieve Vrouwekathedraal van Antwerpen.
Na haar dood droeg Willem van Oranje de zorg van Flandrina, een van hun dochters, over aan zijn schoonvader om daarmee hun inmiddels verbeterde relatie te consolideren. De kleine Flandrina groeide op als katholiek en werd zelfs abdis in een klooster: de bestemming die Lodewijk eigenlijk voor zijn eigen dochter had gehad.
Charlotte van Bourbon is de geschiedenis ingegaan als een onzelfzuchtige vrouw. Ze gold als vroom, deugdzaam en verstandig en maakte haar belangen ondergeschikt aan die van Willem, de jonge Republiek en haar groeiende schare (stief)kinderen. Zelfs haar vader, boos om haar geloofsafval, raakte uiteindelijk in haar ban en moest haar goedheid en godsvrucht wel loven. Ook Jan van Nassau, die zich aanvankelijk tegen het huwelijk had gekeerd, moest erkennen dat Charlotte een zegen was voor zijn broer.
Bovendien bood haar schilderachtige leven volop inspiratie voor hagiografieën en romantische bewerkingen. Charlottes gedwongen verblijf in een klooster werd door de achttiende-eeuwse verlichte toneelschrijver Adriaan Loosjes Pz bijvoorbeeld aangegrepen om een toneelstuk aan haar leven te wijden in het (Franse) genre van anti-monastieke treurspelen, waarin het lijden van jonge meisjes die door kille familieleden aan de zorg van strenge abdissen werden overgelaten, centraal stond. Loosjes gebruikte Charlotte bovendien als zinnebeeld voor de Nederlanden, die immers, net als zij, door Willem van Oranje gered werden van het Ùtverblinde priesterschapÙu van hun ÙtvaderÙu Filips II.