Hij werd in 1342 door den steun van Willem IV van Holland en op aanbeveling van Nicolaas di Capucio door paus Clemens VI tot bisschop van Utrecht aangewezen. Als zoodanig was hij Jan IV. Hij aanvaardde het bewind onder zeer slechte omstandigheden. Het bisdom was belast met zware schulden, terwijl verschillende aanzienlijke edelen zich weinig om het gezag van den bisschop bekommerden. Ten einde den financieelen toestand te kunnen verbeteren, verliet Jan in 1343 het bisdom en ging wonen te Grenoble om daardoor op de kosten van de hofhouding te kunnen besparen. Het bestuur berustte in die dagen in handen van zijn broer Robert van Asperen. Hij moest echter in 1345 terugkeeren, daar Willem IV het bisdom was binnengevallen, waarbij hij steun ontving van enkele utrechtsche edelen. Jan zag geen kans om door wapengeweld zijn vijanden te overwinnen. Hij sloot met den graaf een wapenstilstand voor twee jaar (1346) en keerde zich vervolgens tegen de oproerige edelen, die hij onderwierp. Ook zijn tegenstanders in de stad Utrecht (de zgn. Gunterlingen) wist hij tot gehoorzaamheid te dwingen. Hierop loste hij Vollenhove en Goor in, die verpand waren aan Gelre. Wederom verliet nu Jan het bisdom om zich in Verdun en Tours te vestigen. Het bestuur van het bisdom was toevertrouwd aan een raad, die zich echter slecht van die taak kweet. Bij zijn terugkeer, die samenhing met het einde van het bestand, begon Jan den oorlog opnieuw tegen Holland. Eemnes werd door hem veroverd, Oudewater verbrand. Toen evenwel Gijsbrecht van Bronkhorst als bondgenoot van de Hollanders in Twente viel, sloot Jan door bemiddeling van den hertog van Brabant en den graaf van Kleef vrede met Holland; waarop hij zich tegen Bronkhorst keerde. Deze riep de hulp in van Reinoud van Gelre, die den graaf van Holland tot een nieuwen oorlog tegen Utrecht wist te bewegen (1348). Jan vond krachtigen steun bij de heeren van Voorst, Heekeren en Kuinre, aan wie hij grootendeels den strijd tegen de Gelderschen overliet. Zelf wendde hij zich tegen de Hollanders, wien hij een zware nederlaag toebracht bij Schoonhoven. Willem en Reinoud zagen in dat Jan's macht te sterk was en sloten vrede in 1349. De gevolgen van den oorlog waren evenwel voor het bisdom nadeelig. De hulp, die Jan van de verschillende edelen genoten had, moest hij beloonen door hun verschillende kasteelen en landschappen in pand af te staan. Jan heeft in dezen tijd een reis naar Rome ondernomen, vanwaar hij in 1351 terugkeerde, toen zijn verblijf in Utrecht noodzakelijk was met het oog op den strijd, die er uitgebroken was met Aernout van IJselstein, waarbij deze gesteund werd door enkele ontevreden edelen. Jan sloot een verdrag met Holland, waardoor hij van dit gewest niets te vreezen had (1352) en keerde zich daarop tegen de oproerige edelen, die hij na eenigen strijd onderwierp. Ook in Friesland had hij strijd te voeren, die eindigde met een bestand (1355). In 1360 trad Jan tegen de stellingwerver Friezen en Drenthenaren op, die zich weinig om zijn gezag bekommerden. In den winter van 1360 op 1361 onderwierp de bisschop ook hen. In 1362 tast Jan, gesteund door zijn neef Otto van Arkel, Eduard van Gelre en de steden Deventer, Zwolle en Kampen, Zweder van Voorst aan, die van zijn kasteelen Rechteren en Voorst uit heel veel schade toebracht aan den handel van Zwolle, Kampen en Deventer. In 1362 viel het kasteel Voorst in handen van den bisschop, die het tot den grond liet slechten. Onder Jan werd overgegaan tot het droogmaken en inpolderen van Mastenbroek. Voor handhaving van het recht in het oosten van het bisdom was het van belang, dat hij een vrijstoel oprichtte, waardoor het veemgericht daar ook werkzaam werd. In 1363 werd Jan door paus Urbanus V aangewezen tot bisschop van Luik. Hier is zijn politiek niet zoo gelukkig geweest. Niet kunnende beschikken over voldoenden steun was hij tegen de steden van dat bisdom niet opgewassen en moest hij in 1376 den vrede teekenen, waarbij de steden in het bezit bleven van een zekere zelfstandigheid en alleen moesten toelaten, dat de geestelijkheid buiten de jurisdictie bleef van de stedelijke organen, maar toch de in 1373 verworven voorrechten behield, waarbij bepaald was, dat vreemdelingen geen ambten mochten bekleeden en contrôle op het bestuur uitgeoefend zou kunnen worden door het college van twee en twintig. Twee jaar later in 1378 stierf Jan. Hij werd begraven in de Domkerk te Utrecht.
Zie: zijn levensbeschrijving door J.Th. Beysens, Jan van Arkel, bisschop van Utrecht (in De Katholiek dl. 104, p. 341-362; dl. 105, p. 310-349; dl. 106, p. 234-275, dl. 108, p. 1-43; 1893-95); waarin echter alleen het bewind in Utrecht behandeld wordt. Wel wordt gebruik gemaakt van kronieken, maar van oorkonden weinig; archiefonderzoek heeft Beysens niet aangewend. Zijn levensbeschrijving kan dan ook niet voldoen aan de eischen der moderne geschiedbeschrijving. Voor bijzonderheden over de Arkels is men nog in hoofdzaak aangewezen op Arend, Gesch. des Vad. II en op van Mieris, Charterboek II-IV.
Brünner